Les ninjas les plus forts, de toute façon, il suffit déjà de voir ceux qui demeurent invaincus ou vaincus dans des conditions spéciales.
Chez les bad guy (entre guillement) , on peut citer Itachi par exemple qui est clairement LE ninja niveau Genjutsu (manque Izanagi a son palmarès, et rien ne prouve qu'il ne le maîtrisait pas), n'a jamais été vaincu, est est considéré comme un génie, tant au niveau jutsu que stratégie. On peut aisément le considérer comme un des meilleurs ninjas, même si on sait qu'il serait éventuellement vaincu par des ninjas immunisés au genjutsu (Naruto, A, KB... D'ailleurs, je le répète: Itachi va se faire poutrer par Killer Bee et Naruto. Point.) on sait aussi qu'il pourrait probablement se faire la plupart des Kage, et des ninjas du manga tout simplement (suffit de voir comment il se farci le jeune Deidara sans soucis).
Madara aussi, on peut le mettre dans cette classe. Ok, il manque de crever comme une merde contre Konan, et il fait pas grand chose à part se farcir deux pauvres sous-fifre (Kakashi aussi a séché les frère démons, c'est pas vraiment un fait d'arme digne de ce nom), et il a un paquet de "défaites" à son palmarès (Shodai, Yondaime) MAIS on devine le potentiel de son pouvoir...
Nagato... Pain a bousillé un village. Avec en prime 3 de ses corps en mode "recherche d'informations"... Il a plusieurs légendes mortes à son compte (Hanzô, Jiraya, Kakashi). Rien que pour ça, on peut clairement le considérer comme un des ninjas les plus fort existant.
Chez les gentils, on va citer Killer Bee, qui est décrit comme "un Jinchuriki parfait" par Madara. Ça en dit long. Immunité aux genjutsu, taijutsu surpuissant, ninjutsu de brutes. Son unique problème vient de son coté stratégique relativement limité, et une habitude à foncer tête baissée. Et un manque de technique à distance ciblée (la Bijuu Ball, c'est un peu utiliser un trébuchet à la place d'un arc).
Le Raikage a un taijutsu unique de fou. Immunisé au genjutsu. Technique de Raiton capable même de protéger du Chidori. Problème: c'est un bourrin qui préfère perdre un bras plutôt que de trouver une stratégie pour éviter un coup. D'un autre coté, il est clairement au dessus de tout le monde niveau Taijutsu, seul Lee avec toutes les portes ouvertes pourrait se comparer à lui... pour quelques secondes.
Et en dernier, je citerai bien Naruto. Avec sa maitrise de Kyubi, son mode Ermite et sa façon de combattre bien à lui, je dois avouer que je ne vois plus beaucoup de ninja réellement capable de rivaliser avec lui. Dans son combat intérieur, il s'est montré capable de botter le cul à un demi Kyubi en solo et sans le chakkra de Kyubi (qui dans le manga s'est montré capable de lutter en force brute contre Kyubi? Certainement pas Tendou qui a pourtant détruit en une technique le village de Konoha). Je pense que le Naruto actuel est au moins aussi fort, si ce n'est plus que KB. En l'état actuel, je n'arrive pas à l'imaginer se faire battre par Kisame. Si lui aussi est devenu immunisé au genjutsu, alors je dirais même que quasiment personne dans le manga ne peut réellement rivaliser avec lui (même si j'imagine que tout le monde n'est pas de cet avis).
Et de toute façon, Naruto va sécher Nagato et Itachi dans le prochain tome.
Y a Sasuke également, j'imagine, maintenant que pépère à le MSE. Mais comme on ne connait rien de ses nouvelles capacités, on va attendre un peu.