Ben déjà, nettoie bien ton scanner avant d'y poser le dessin. Ca enlèvera déjà tout ce qui est cracra.
Ensuite, un scanner, c'est pas là pour enlever les défauts. C'est le boulot du dessinateur de le faire à l'aide d'un logiciel de retouche.
En général, quand tu veux montrer un lineart sur internet ou l'utiliser pour une colo, il faut le cleaner. Avec ça, tu auras des jolis traits.
Je suis pas une maitresse du clean, mais sur internet, tu trouves des bons tuto à ce sujet. Mais pour ça, encore une fois il te faut un logiciel adéquate : Photoshop, photofiltre, etc etc.