Il est vrai que le manga a profondément changé depuis les premiers tomes, mais cela qui fait son intérêt.
Après tout, ce manga ne fait que refléter des sentiments et des façons de penser qui existent belles et biens.
Alors, tout comme ce qui nous entoure, les personnages ne peuvent pas être entièrement gentil ou foncièrement méchant.
C'est pour cela qu'il ne peut y avoir "d'incarnation maléfique absolue" comme tu dis, ce genre de personnage ne pourrait pas représenter une réalité. Chacun dispose de sa part d'ombre et de lumière. Chacun d'entre eux, comme tu l'as dit, est guidé par ses convictions et ses ambitions.
Et c'est cette ambiguïté des personnages qui les rendent intéressants ! Comment s'attacher à un personnage plat et unilatéral ?
Sasori, meurt en montrant que malgré son corps de marionnette il avait conservé un cœur humain en se laissant tuer pour rejoindre ses parents ;
Orochimaru, meurt d'une façon ridicule et cela montre bien à quel point sa quête de l'éternité est vaine ;
Hidan, on peut faire le parallèle avec Orochimaru en ajoutant cette fois qu'il montre bien le danger de l'action passionée ;
Nagato, meurt en paix après avoir confié à Naruto le soin de réaliser le rêve de leur maître à tous les deux ;
Itachi, l'un des personnages les plus surprenants du manga car la révélation de ses véritables intentions ébranle complètement la structure du récit.
Quand à Deidara, il a la mort qu'il voulait avoir, celle de l'artiste soucieux de laisser sa trace dans l'Histoire.
A travers ces personnages ce n'est pas simplement une victoire du bien sur le mal que l'on doit voir.
A travers le récit, ce n'est plus une simple histoire de ninjas sans arrières-plans qu'il faut voir, chaque auteur écrit pour faire passer un message.
Le manga a simplement mis de plus en plus en avant ce message au gré de l'avancement du récit.
Donc, à mon avis, malgré ses mutations (ou plutôt grâce à celles-ci !) le manga conserve son intérêt.